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一、MALDI-TOF
基质辅助激光解吸附质谱技术（Matrix-Assisted Laser Desorption/ Ionization Time of Flight, MALDI-TOF）的基本原理是将分析物分散在基质分子中并形成晶体，当用激光照射晶体时，由于基质分子经辐射所吸收的能量，导致能量蓄积并迅速产热，从而使基质晶体升华，致使基质和分析物膨胀并进入气相。MALDI所产生的质谱图多为单电荷离子，因而质谱图中的离子与多肽和蛋白质的质量有一一对应关系。MALDI产生的离子常用飞行时间（TOF）检测器来检测， 理论上讲，只要飞行管的长度足够，TOF检测器可检测分子的质量数是没有上限的， 因此MALDI-TOF质谱很适合对蛋白质、多肽等生物大分子的研究。
技术特点
MALDI-TOF 鉴定方便、快速，可以同时做上百个斑点
主要用于纯蛋白或简单样本的鉴定，如2DE斑点
成本较低
样品要求
蛋白质溶液：纯度> 90%；蛋白质总量> 5 ug，浓度> 0.1 ug/ul
双向凝胶电泳点：考染、银染点清晰可见
SDS-PAGE胶条：单一蛋白质，考染、银染条带清晰可见
二、ESI-MS
电喷雾电离质谱（electrospray ionization mass spectrometry，ESI-MS）是在毛细管的出口处施加一高电压，所产生的高电场使从毛细管流出的液体雾化成细小的带电液滴，随着溶剂蒸发，液滴表面的电荷强度逐渐增大，液滴崩解为大量带一个或多个电荷的离子，致使分析物以单电荷或多电荷离子的形式进入气相。电喷雾离子化的特点是产生高电荷离子而不是碎片离子，使质量电荷比降低到多数质量分析仪器都可以检测的范围，因而大大扩展了分子量的分析范围，离子的真实分子质量也可以根据质荷比及电荷数算出。
技术特点
高通量：一次可鉴定数十至数百种蛋白质
灵敏度高：可检测样品浓度极低的胶点
通用性强：可分析蛋白质条带、免疫共沉淀洗脱液、组织提取液、全细胞裂解液、亚细胞分离组分等多种形式的样品
样品要求
蛋白质溶液：蛋白质总量>5 ug，浓度>0.1 ug/ul。缓冲液中不含去污剂NP40、Triton X-100等。
SDS-PAGE胶条：考染、银染条带清晰可见。
制备质谱检测样品注意事项：
样本制备过程应避免各类污染和反复冻融
配胶和切胶避免角蛋白污染，配胶试剂专用，切胶刀具使用干净一次性的
蛋白考染，一般肉眼可见的量都是可以被质谱鉴定到的
银染的蛋白质不能使用戊二醛作为固定剂，因为戊二醛使蛋白质发生不可逆交联，会影响质谱鉴定结果
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