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早期，人们就发现在细胞的生命活动中，DNA复制、mRNA转录与修饰以及病毒的感染等，都涉及基因-蛋白质相互作用，很多生理学家都探讨了这种现象的发生过程。
近年来，随着研究的深入，很多医学研究者已经将目光投向了基因-蛋白相互作用，期望在此水平上，另辟蹊径，深入分析癌症、心血管疾病、中央神经系统紊乱等疾病的主要代谢通路和发生机制。
ChIP 是一种在体内研究转录因子和靶基因启动子区域直接相互作用的方法，可以在体内直接确定它们之间相互作用方式的动态变化，能够得到转录因子结合位点的信息，确定其直接靶基因。它早期多被用于研究核小体上的 DNA 和组蛋白的相互作用以及组蛋白的修饰等方面。近年来，随着生物技术的迅速发展，ChIP 技术不断发展和完善，被广泛应用于体内转录调控因子与靶基因启动子上特异核苷酸序列结合方面的研究，并成为在染色质水平研究基因表达调控的有效方法。
ChIP原理及应用方向
通过甲醛将染色质上的DNA和目的蛋白交联；
通过超声或酶解的方法将染色质片段化；
包含有目的蛋白的染色质片段通过抗体富集纯化；
通过加热解除DNA和目的蛋白的交联；
通过蛋白酶和RNA酶消化去除目的染色质的蛋白和RNA之后，将目的DNA纯化出来；
得到的DNA可以通过PCR检测目标区域的DNA是否被目的蛋白富集，或者通过DNA测序的方式检测目的蛋白在全基因组上的分布；
ChIP原理看似简单，但要想做好ChIP ，得到高质量的数据却绝非易事。
ChIP的应用方向：
DNA甲基化
蛋白质甲基化
组蛋白修饰
ChIP实验步骤可分6步：
细胞的甲醛交联与超声破碎；
细胞裂解，除杂及抗体哺育；
分出一半用酚/氯仿抽提，电泳检测超声效果；
免疫复合物的沉淀及清洗；
DNA样品的回收；
PCR分析，比较传统的做法是半定量-PCR。但是现在随着荧光定量PCR的普及，大家也越来越倾向于Q-PCR了。
因ChIP试剂盒操作参差不齐，因此实验的具体步骤不再展开，大家只需要按照手头上的试剂盒操作说明严格操作即可，但是核心步骤基本符合。接下来的内容主要是注意事项。
注意事项 想要做好ChIP实验，必须要控制好6个方面，包括培养基内活细胞数量、交联时间长短、消化后的片段大小、抗体的种类和特异性、常规实验操作技术等多种因素影响 。想要控制这些过程，最核心的就是全面设置对照组。
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