选择什么样的抗体？

在所有免疫沉淀相关实验中，抗原的起始浓度相对其它免疫相关实验（WB和IF等）要低得多，所以对抗体的亲和力相对其它实验提出了更高的要求，这就需要使用高亲和力的抗体去进行免疫沉淀相关实验。同时，由于免疫沉淀相关实验主要是在生理条件下进行，所以需要抗体识别蛋白的天然表面构像，因此选择的抗体其针对的抗原决定簇需要暴露在蛋白表面。这些因素对制备能成功应用于IP实验的抗体提出了很高的要求：

1、用于免疫的蛋白抗原，其构像需要尽量接近目的蛋白的天然构像或者用于免疫的多肽尽量暴露在目的蛋白的表面。获得接近天然构像的蛋白抗原的途径有很多，主要有天然提取，原核表达重组蛋白以及真核表达重组蛋白三种方式。这其中，就蛋白构像角度而言，天然提取是最佳途径，但这种方法受材料来源限制和纯化方法复杂等多因素影响，一般很少采用。原核表达因为成本低廉，操作方便，最为受欢迎，但其受表达环境与大部分蛋白天然存在环境差别巨大，构像失真情况严重，抗原的构像质量有严重问题。大规模瞬时真核表达是近期新兴的表达系统，具有表达环境接近天然，操作方便等诸多优点，是获取具有天然构像蛋白抗原的首选工具。

2、亲和力要比普通的抗体应用要求高得多。多克隆抗体由于可以结合目的抗原的多个抗原决定簇，所以在亲和力方面是首选。但考虑到特异性，获得单克隆抗体群是更好的选择。具体优缺点总结如下表。

疑难问题

1、免疫沉淀

2、免疫共沉淀

3、染色质免疫沉淀

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