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ceRNA机制,作为最最经典的lncRNA-miRNA调控模式,
ceRNA机制设计有2个注意点,一是lncRNA与靶基因之间的正相关调控关系,与miRNA之间是负相关(这个大家都很明白咯),其二是三者之间的丰度比例。
注意,这里提到了三个对象:lncRNA、miRNA、靶基因
lncRNA-Sponge--miRNA--抑制靶基因mRNA吸附miRNA--上调靶基因表达
ceRNA机制:lncRNA-MALAT1吸附miR-200,促进ZEB2的表达
那么,如果某miRNA和某lncRNA的表达处于正相关,这是什么情况呢?
今天我们就假设他们之间存在某种调控关系,我们不妨开动脑筋,猜一猜这里面有可能存在的调控机制。
lncRNA-Uc.283+A参与Pri-miR-195进程,两者直接负相关
而上述问题中,只是表述了miRNA、lncRNA两者之间的关系,所以肯定套用不上ceRNA。
miRNA的产生过程:MicroRNA存在多种形式,最原始的是pri-miRNA ,长度大约为300-1000个碱基pri-miRNA经过一次加工后,成为pre-miRNA 即microRNA前体,长度大约为70-90个碱基;pre-miRNA再经过Dicer酶酶切后,成为长约20-24nt的成熟miRNA 。
从上下游关系来思考
1、lncRNA处于miRNA上游
我们从成熟miRNA产生过程的角度来看,是否有lncRNA参与调控miRNA成熟过程中的一些内切酶表达呢?
从DNA水平上来看,miRNA也是由基因(TUs区)转录的,那么是否有lncRNA能拉取转录激活因子到启动子,促进转录呢?
2、lncRNA处于miRNA下游
miRNA引起lncRNA基因某些甲基化、乙酰化酶表达受到抑制;
那么反过来,miRNA降解了lncRNA的某些转录抑制因子mRNA,影响了这些转录因子的表达,从而使得lncRNA转录激活,最终两者的表达呈正相关。
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